Une importante phase de structuration de la maîtrise d’ouvrage concernant la problématique de la gestion des milieux aquatiques a accompagné la mise en œuvre du SAGE Estuaire de la Loire en 2009.
Sur chaque sous-bassin versant, une structure référente coordonne aujourd’hui la mise en œuvre des actions du SAGE. Cette structuration est aussi le symbole d’une prise de conscience : celle qui entoure les enjeux de l’eau.

En 2014 et 2015, une réorganisation plus profonde du territoire – à la suite de l’adoption des lois MAPTAM (Modernisation de l’action publique territoriale et affirmation des métropoles), NOTRe (Nouvelle organisation territoriale de la république) et la mise en œuvre de la compétence GEMAPI (Gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations) – est intervenue.
Elle a bouleversé le paysage de la gouvernance sur le territoire du SAGE, renforçant le rôle des Etablissements publics de coopération intercommunale (EPCI à fiscalité propre).
Dans ce cadre, l’équipe technique du Syloa accompagne au quotidien les collectivités, et plus particulièrement ses membres, en portant notamment des études d’organisation des compétences de l’eau.