Au-delà des structures référentes sur les sous-bassins, de nombreux autres acteurs locaux sont également concernés par la mise en œuvre du SAGE Estuaire de la Loire.

• Association communautaire de l'estuaire de la Loire (Loire et petits affluents)
• Association foncière de remembrement de la vallée de la Syndicat des digues
 (Littoral Nord)
• Association syndicale des plaines de Mazerolles (Erdre)
• Association syndicale des prés de Loire cordemaisiens 
(Marais Nord Loire)
• Association des tourbières de Logné 
(Erdre)
• Cap Atlantique (Brière-Brivet)
• Carene (Brière-Brivet, Littoral Nord, Loire et petits affluents)
• Comité estuaire (Loire et petits affluents)
• Commission syndicale de la grande Brière mottière (Brière-Brivet)
• Communauté de communes de Pont-château – Saint-Gildas-des-Bois (Brière-Brivet)
• Communauté de communes cœur d’estuaire 
(Loire et petits affluents, Marais Nord Loire)
• Communauté de communes cœur de Retz 
(Boivre-Acheneau-Tenu)
• Communauté de communes Erdre et Gesvres
 (Erdre)
• Communauté de communes de Grand-Lieu 
(Boivre-Acheneau-Tenu)
• Communauté de communes de Loire-Atlantique méridionale (Boivre-Acheneau-Tenu)
• Communauté de communes de la région de Machecoul
 (Boivre-Acheneau-Tenu)
• Communauté de communes de Pornic 
(Boivre-Acheneau-Tenu)
• Communauté de communes de Vallet (Goulaine)
• Communauté de communes du canton de Montrevault (Divatte - Haie-d'Allot)
• Communauté de communes du canton de Champtoceaux (Loire et petits affluents)
• Communauté de communes Loire Divatte 
(Goulaine, Divatte - Haie-d'Allot)
• Communauté de communes Loire et Sillon (Brière-Brivet, Loire et petits affluents, Marais Nord Loire)
• Communauté de communes Sèvre, Maine et Goulaine
 (Goulaine)
• Communauté de communes Sud Estuaire 
(Boivre-Acheneau-Tenu, Loire et petits affluents)
• Compa 
(Erdre, Loire et petits affluents)
• Conseil général de Loire-Atlantique 
(Erdre)
• Corela (Hâvre-Donneau-Marais de Grée, Loire et petits affluents)
• GIP Loire Estuaire (Loire et petits affluents)
• Musse 
(Marais Nord Loire)
• Nantes Métropole
 (Boivre-Acheneau-Tenu, Goulaine, Erdre, Loire et petits affluents, Marais Nord Loire)
• Paludiers (Littoral Nord)
• Parc naturel régional de Brière (Brière-Brivet)
• Port Atlantique Nantes — Saint-Nazaire 
(Loire et petits affluents)
• SIAEP de la région d’Ancenis 
(Hâvre-Donneau-Marais de Grée)
• SIAEP de la région de Champtoceaux 
(Divatte - Haie-d'Allot)
• SIAEP de la région de Nort-sur-Erdre 
(Erdre)
• SIAEP de la région ouest de Montrevault (Divatte - Haie-d'Allot)
• SIAEP du Segréen (Erdre)
• SIAEP du sillon de Bretagne (Marais Nord Loire)
• SIAEP du vignoble (Goulaine)
• SIAEP Pays de Retz Sud Loire 
(Boivre-Acheneau-Tenu)
• Sivom du Val Saint-Martin 
(Boivre-Acheneau-Tenu)
• Sivu des marais et vallées du Pays d’Ancenis entre Loire et Galerne 
(Hâvre-Donneau-Marais de Grée)
• Syndicat de l’étier du Pré-Neuf (Marais Nord Loire)
• Syndicat de l’étier du Syl (Marais Nord Loire)
• Syndicat des étiers du Vair
Syndicat des marais du Couleuvrou
 (Marais Nord Loire)
• Syndicat des marais de Saint-Étienne-de-Montluc et Couëron
 (Marais Nord Loire)
• Syndicat du marais de Grée 
(Hâvre-Donneau-Marais de Grée)
• Syndicat des marais de la Roche 
(Marais Nord Loire)
• Syndicat du marais du Lot
 (Marais Nord Loire)
• Syndicat du bassin versant de Grand-Lieu (Boivre-Acheneau-Tenu)
• Syndicat intercommunal à vocation mutliple (Divatte (Divatte - Haie-d'Allot)
• Syndicat intercommunal pour l'aménagement du bassin de l’Erdre 49 
(Erdre)
• Syndicat intercommunal pour l’aménagement du Hâvre et du Donneau
 (Hâvre-Donneau-Marais de Grée)
• Syndicat intercommunal pour l’exécution des travaux d’aménagement du bassin de l’Erdre 
(Erdre)
• Syndicat mixte des collectivités du sud-est de la Loire-Atlantique 
(Goulaine)
• Syndicat mixte du Scot métropolitian (Loire et petits affluents)
• Syndicat mixte du Scot et du Pays du vignoble nantais (Goulaine)
• Voies navigables de France (VNF) (Loire et petits affluents)